Το 2006, η κυβέρνηση της ΝΔ ψήφισε νόμο για την εκκλησιαστική εκπαίδευση, για τον οποίο υπήρξαν έντονες διαφωνίες, και επί της αρχής, και επί των διαδικασιών.Το ΥΠΕΠΘ, για μία ακόμα φορά αναιρεί, με τις επαναληπτικές εγκυκλίους του, όπως η πρόσφατη για τα εκκλησιαστικά λύκεια, δικές του επιλογές και υποχρεώσεις.Σε κάθε περίπτωση, το ΥΠΕΠΘ οφείλει, εφαρμόζοντας το νόμο 3432/06, να διασφαλίσει την ισότητα σε ευκαιρίες και δικαιώματα αγοριών και κοριτσιών, και να μη μεταφέρει την υποχρέωσή του αυτή σε άλλο επίπεδο.